PCR技术的基本原理 类似于DNA的 天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

PCR是一种体外DNA 扩增技术，是在模板DNA、引物和4种脱氧核苷酸存在的条件下，依赖于DNA聚合酶的酶促合反应，将待扩增的DNA片段与其两侧互补的寡核苷酸链引物经"高温变性--低温退火--引物延伸”三步反应的多次循环，使DNA片段在数量上呈指数增加，从而在短时间内获得我们所需的大量的特定基因片段。

在环境检测中，靶核酸序列往往存在于-个复杂的混合物如细胞提取液中，且含量很低，对于探测这种复杂群体中的特异微生物或某个基因，杂交就显得不敏感。使用PCR技术可将靶序列放大几个数量级，再用探针杂交探测对被扩增序列作定性或定量研究分析微生物群体结构。PCR技术常与其他技术结合起来使用， 如RT-PCR、竞争PCR、巢式PCR、RAPf)、ARDRA等。

优点：RT-PCR不仅能检测出不能培养的微生物的基因，还能测量mRNA基因的转录水平。

反应特点：特异性强 PCR反应的特异性决定因素为:①引物与模板DNA特异正确的结合
                                                                               ②碱基配对原则
                                                                               ③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性
                                                                               ④靶基因的特异性与保守性

反应条件：标准的PCR反应体系:（1）10×扩增缓冲液 10ul
                                                  （2）4种dNTP混合物 各200umol/L
                                                  （3）引物 各10~100pmol
                                                  （4）模板DNA 0.1~2ug
                                                  （5）Taq DNA聚合酶 2.5u
                                                  （6）Mg2+ 1.5mmol/L
                                                  （7）加双或三蒸水至 100ul
PCR反应五要素: 参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+