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应用于生物医学研究领域的哺乳动物细胞被错误鉴定和交叉污染的问题,一直是一个普遍存在的突出问题。
(1)细胞STR鉴定的历史背景
细胞系错误鉴定问题已有50年历史,基于国际细胞库的分析数据显示:1984年细胞错误鉴定率为35%,1999年为18%,直到最近几年,应用于生物医学领域的细胞系需要鉴定的问题仍然很少有人关注。
2011年初,美国菌种保藏中心(ATCC)制定了人源细胞系STR鉴定标准,旨在约束因细胞交叉污染和错误辨识所导致的无效科研数据的不断扩增现象。大量研究表明 STR 基因分型方法是进行细胞交叉污染和性质鉴定的最有效和准确的方法之一,STR基因分型应用于细胞鉴定已被ATCC等机构强烈推荐。美国的ATCC 细胞库、德国的DSMZ细胞库以及日本的JCRB细胞库等为STR 分型提供了各细胞株的数据供比对依据。
(2)细胞STR鉴定的技术原理
STR基因位点由长度为3~7个碱基对的短串连重复序列组成,这些重复序列广泛存在于人类基因组中,可作为高度多态性标记,被称为细胞的DNA指纹,其可通过PCR(聚合酶链式反应)来检测。STR基因座位上的等位基因可通过扩增区域内重复序列的拷贝数的不同来区分,在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别。随后通过专业分析软件,即可得到细胞的STR分型结果,根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库比对从而确认样品所属的细胞系身份或该样品所属细胞系是否属于交叉污染现象。
(3)细胞STR鉴定服务及内容
苏州美德帕克技术团队的管理层,早在2009年就在国内提倡对人源细胞系进行STR鉴定,以控制细胞的质量。
STR数目 荧光标记种类 遗传信息量 基因座兼容性
16 4 +++ ATCC STR database+CODIS
21 5 +++++ 以上全部 + 5个高度多态性位点
16个STR基因座检测服务,完全包含9位点系统另外增加7个高度多态性基因座,具有更多遗传信息和更高准确性
21个STR基因座检测服务,是目前细胞鉴定基因座最多的检测服务;兼容9个基因座和16个基因座,信息量更加丰富,满足更高准确性要求。
(4)细胞STR鉴定的技术流程
(5)细胞鉴定的延伸服务
支原体污染检测 / 细胞种属鉴定/小鼠细胞STR分型检测/人鼠交叉污染鉴定
原代细胞STR鉴定
干细胞STR鉴定
(6)细胞鉴定的样本要求
细胞悬液(细胞数≥106个)或基因组DNA(体积≥20μl,浓度≥50 ng/μl)。